نحوه ادامه تحصيل دانش آموزان در دانشگاه ها و مراكز آموزش عالي  
دانش آموزان مدارس علوم و معارف اسلامي مي توانند پس از دريافت ديپلم و پايان دوره پيش دانشگاهي در زير مجموعه كنكور سراسري ادبيات و علوم انساني شركت نموده و پس از قبولي با توجه به رتبه اي كه كسب نموده اند مي توانند ازميان تمامي رشته هاي زير مجموعه ادبيات و علوم انساني انتخاب رشته نموده و ادامه تحصيل دهند
 
  نحوه ادامه تحصيل دانش آموزان  در حوزه هاي علميه  
دانش آموزان مدارس علوم و معارف اسلامي مي توانند پس از دريافت ديپلم يا ترجياً مقطع پيش دانشگاهي در آزمون هاي ورودي حوزهاي علميه شركت نموده و پس از پذيرش، با ارائه در خواست كتبي در امتحان ارتقايي ثبت نام نمايند و پس از قبولي مي توانند در پايه ها بالاتر ادامه تحصيل دهند .
دروس تخصصی ارائه شده در دبیرستان های علوم و معارف اسلامی معادل حدود 2 سال تحصیل علوم حوزوی می‌باشد که پس از پذیرش افراد علاقمند به ادامه تحصیل در حوزه های علمیه از آنان پذیرفته می شود.