تاریخچه  

تاریخچه رشته معارف اسلامی:

با پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی ایران به رهبری امام خمینی (ره) لزوم تحول اساسی 
در نظام تعلیم وتربیت برای نیل به آرمانهای انقلاب بیش از پیش احساس شد تا در سایه 
یک نظام آموزشی منسجم نیروهای مومن متخصص و کار آمد در عرصه فکری و فرهنگی
 تربیت شوند وبا درک مقتضیات زمان ، وظیفه تداوم این انقلاب بزرگ را بر دوش گرفته به
 تولید اندیشه دینی و جریان سازی فکری و اعتقادی در جامعه بپردازند بر این اساس مدرسه عالی شهید مطهری (ره) در سال 1362 پیشنهاد تاسیس رشته علوم ومعارف اسلامی را در مقطع متوسطه ارائه کرد تا با بهره گیری از محتوی تربیتی و آموزشی حوزه های علمیه و در قالب نظام آموزشی و پرورشی ودر سایه تربیت دینی و آموزشی نسل جوان پرداخته و نیرو های مورد نیاز فکری کشور را به گونه ای پرورش دهند تا بتوانند در آینده وظیفه سنگین «تبین و تبلیغ حکیمانه ی دینی » را به عهده گیرند و کلام نورانی امام (ره) را که فرمودند : شما خواهرها و برادر ها که در این مدرسه هستید برنامه هایتان را آنطور تنظیم کنید که از بین شما مطهری ها و یا یک مطهری پیدا شود ، محقق گردد.
تاریخچه  دبیرستان معارف اسلامی زاهدان :
دبیرستان پسرانه علوم و معارف اسلامی زاهدان در سال 1362 تاسیس شد.
مکان اولیه این دبیرستان در دانشگاه 11 (محل فعلی دانشگاه شهید مطهری) قرار داشت.
در سال 1382 دبیرستان به ساختمان فعلی (بلوار دانشجو) منتقل شد.
این مجموعه با پرورش دانش آموزان نخبه دینی و علمی همواره جزء دبیرستانهای برتر سطح ناحیه بوده است و در امتحانات نهایی و کنکور سراسری خوش درخشیده است.
مجموعه معارف اسلامی زاهدان در امور فرهنگی و پرورشی نیز از مدارس برتر است و هرساله با موفقیت دانش آموزان در مسابقات مختلف فرهنگی و قرآنی و کسب رتبه های برتر جایگاه خود را ارتقاء می بخشد.